### R code from vignette source 'lmtest-intro.Rnw' ################################################### ### code chunk number 1: preliminaries ################################################### library(lmtest) options(SweaveHooks=list(twofig=function() {par(mfrow=c(1,2))}, twofig2=function() {par(mfrow=c(2,1))}, onefig=function() {par(mfrow=c(1,1))})) ################################################### ### code chunk number 2: macro-jocci ################################################### getOption("SweaveHooks")[["twofig"]]() data(jocci) plot(jocci[,"dy"], ylab = "jocci (log first differences)") ar6.model <- dy ~ dy1 + dy2 + dy3 + dy4 + dy5 +dy6 jocci.fm <- lm(ar6.model, data = jocci) plot(time(jocci), residuals(jocci.fm), xlab = "Time", ylab = "AR(6) residuals") ################################################### ### code chunk number 3: macro-corr1 ################################################### data(jocci) dwtest(dy ~ 1, data = jocci) ################################################### ### code chunk number 4: macro-model ################################################### ar6.model <- dy ~ dy1 + dy2 + dy3 + dy4 + dy5 +dy6 ################################################### ### code chunk number 5: macro-corr2 ################################################### bgtest(ar6.model, data = jocci) ################################################### ### code chunk number 6: macro-hetsked1 ################################################### var.model <- ~ I(dy1^2) + I(dy2^2) + I(dy3^2) + I(dy4^2) + I(dy5^2) + I(dy6^2) bptest(ar6.model, var.model, data = jocci) ################################################### ### code chunk number 7: mandible-data ################################################### getOption("SweaveHooks")[["onefig"]]() data(Mandible) mandible <- log(Mandible) attach(mandible) plot(mandible) fm <- lm(length ~ age) fm2 <- lm(length ~ age + I(age^2)) lines(age, fitted(fm), col = 2) lines(age, fitted(fm2), col = 4) ################################################### ### code chunk number 8: mandible-res ################################################### getOption("SweaveHooks")[["twofig"]]() plot(age, residuals(fm), ylab = "residuals (linear model)") plot(age, residuals(fm2), ylab = "residuals (quadratic model)") detach(mandible) ################################################### ### code chunk number 9: mandible-tests1 (eval = FALSE) ################################################### ## data(Mandible) ## mandible <- log(Mandible) ## harvtest(length ~ age, order.by = ~ age, data = mandible) ## raintest(length ~ age, order.by = ~ age, data = mandible) ################################################### ### code chunk number 10: mandible-tests2 ################################################### resettest(length ~ age, data = mandible) ################################################### ### code chunk number 11: mandible-tests3 ################################################### resettest(length ~ age, power = 2, type = "regressor", data = mandible) ################################################### ### code chunk number 12: mandible-tests4 ################################################### raintest(length ~ age + I(age^2), order.by = ~ age, data = mandible) ################################################### ### code chunk number 13: mandible-supF ################################################### if(require(strucchange)) { supF.pval <- round(sctest(length ~ age + I(age^2), data = mandible, to = 0.9, type = "supF")$p.value, digits = 3) } else { # warning("`strucchange' not available: p value set to NA") supF.pval <- NA }